1901年4月，美国基督教圣公会华礼门医生在安庆大二郎巷创办先进医院（pioneer hospital），是当时安徽省第二家大型西医医院。

1905年 3月6日，美国医学博士戴世璜乘船抵达安庆。

1907年10月24日，同仁医院隆重举办开业典礼，时任安徽巡抚冯煦用教会赠送的银钥匙象征性地打开新医院大门。先进医院整体搬迁至健康路同仁医院。

1937年，日军攻陷安庆。同仁医院收留了650名战争中的难民，免费为难民提供避难所和实务。

1949年4月，同仁医院救治了200多名渡江战役中的伤员。

1951年8月15日，医院由中国人民解放军宣布接管，改编为中国人民解放军第14陆军医院，编制床位400张。

1952年，医院改编为解放军华东军区第2陆军医院，直属华东军区后勤部卫生部领导，仍保留400张床位。

1954年，改编为中国人民解放军第43疗养院，直属南京军区后勤部领导，编制床位300张。

1955年，改编为中国人民解放军第116医院，属安徽省军区领导，编制床位300张。

1951年，医院接收了200名渡过江战役中受伤的部队伤病员，经过精心治疗和护理，使很多伤病员恢复了健康，重回部队。

1952年4月18日，中国人民志愿军归国代表团华东分团和朝鲜人民访华团华东分团，来医院慰问住院伤病员，并与院领导、医护人员及伤病员代表合影留念。

1953年，政委何远出席安庆市党代会，当选为安庆市市委委员。

1954年，安庆市遭受百年不遇的水灾，医院全体官兵除值班人员外，均到长江大堤救灾第一线抗洪防汛，他们吃住均在大堤，为保护国家财产、人民生命安全做出了卓越的贡献。

1956年，医院护士徐士惠，赴京光荣出席全国第一届妇女先进分子代表大会，受到党和国家领导人刘少奇、周恩来、邓小平的接见。

1957年，医院食堂炊事班长张家兴，赴京光荣出席总政治部召开的全军先进分子代表大会，受到了三总部首长的接见。

1959年，护理部主任徐美珍赴京光荣出席全国优秀护士代表大会，受到党和国家领导人的接见。

在三年困难时期，生活较为艰难。医院响应省军区的号召，在院领导亲自带领下，开展了生产自救、开荒种地、养猪等。每年都收到不少粮食、蔬菜、猪肉、解决了暂困难。由于生产自救出色，受到了安徽省军区的通报表彰。

1961年，南京军区后勤部卫生部在医院召开全区“肺结核防治技术经验交流会”，南京军区各医院均派人参加。

1969年，安庆地区发生水灾，医院派出九支抗洪救灾医疗队，奔赴三个县、十个乡镇，为抗洪官兵及守堤民工看病治病，被评为“安庆市抗洪救灾先进单位”。

1977年，政委谢友伦赴京参加全军医院院长会议，受到党和国家领导人的接见。

1980年，医院肺科被南京军区后勤部卫生部评为“南京军区医院系统先进科室”。

1981年，护理部主任陈凤英光荣当选为全国人大代表，赴京参加全国人大会议。回院后，向全院人员传达了会议的盛况。

1983年，医院派出抗洪医疗队赴望江、安庆市郊，为广大官兵及守堤民工义诊，再次被评为“安庆市抗洪救灾先进单位”。

1984年，医院结核科在全军医院大检查中，被评为全军医院“先进科室”。

1987年，根据总参命令，医院由陆军成建制移交给海军，改称为中国人民解放军海军安庆医院，隶属海军装备部领导，业务归口海军后勤部卫生部。

1988年8月，医院被安徽省政府、省军区评为“拥政爱民先进单位”。

1989年1月，医院被评为“全国扶贫扶优先进单位”。

1989年，医院集体脱下军装，留院工作人员改为军队职工。

1990年8月，医院被评为“全省军民共建先进单位”。

1990年10月，建筑面积3500平方米的门诊大楼竣工投入使用。

1991年5月，建筑面积10700平方米的住院部大楼竣工投入使用。

1993年1月，医院被安庆市委、市政府、安庆市军分区评为“拥政爱民模范单位”。

1994年5月，医院肿瘤放疗中心正式建立。

1995年1月，医院被中国人民解放军总后勤部卫生部评为第一批“二级甲等”医院。

1995年，海军后勤部副部长兼卫生部部长沈少辉少将，来医院视察，对医院近几年的快速发展给予了肯定。

1996年9月，医院被中华人民共和国卫生部、联合国儿童基金会、世界卫生组织评为爱婴医院。

1997年，海军副政委冷宽中将来院视察，要求医院要抓住机遇、快速发展，为广大军民服务。

1998年1月，医院氧疗中心正式成立。

1998年5月4日，“安庆同仁医院”病房楼、护校楼、西小楼被省政府授予“安徽省文物保护单位”。

1999年4月10日，医院正式挂牌成为“中国癌症研究基金会安庆肿瘤防治中心”。

1999年5月，医院开展“优质服务质量月”活动。

2000年1月，医院正式成为“安庆市医保定点医院”。

2000年4月12日，全国优秀院长袁训书来医院作《当前医院管理中的几个关键问题》专题报告，市卫生局及全市各医院均派代表倾听了报告。

2000年4月23日，海军医院院长座谈会在我院召开，总后卫生部、海后卫生部及海军各医院40余人出席了会议。

2000年6月10日，第二军医大学教学医院在医院揭牌。

2001年4月3日，市政协副主席陈培尧带领11名政协委员来我院调研卫生体制改革情况。

2001年7月18日，海军司令员石云生上将、海军装备部部长金矛少将来医院视察，时任安庆市市委书记赵树丛、市政府秘书长盛云生陪同。石司令员对医院快速发展给予了很高的评价，并为医院题写了院名和题词：“发扬百年传统，建设一流医院”。

2001年10月18日，我院隆重举行百年院庆活动，海军装备部部长伏崇玉少将、政委黄代培少将、安庆市领导张世云、李荣森、方祖中、朱荣华等参加庆祝活动，南京军区联勤部卫生部发来贺电。

2002年1月23日，皖南医学院教学医院揭牌仪式在医院举行。

2003年11月，医院被安庆市委、市政府评为安庆市抗击非典先进集体。

2003年12月，医院被评为全国社区志愿者先进单位。

2005年3月24日，医院“经皮髓核钳夹术联合臭氧注射术治疗腰椎间盘突出症”项目获军队科技进步三等奖和安庆市科学技术奖三等奖。

2005年8月，医院被评为安庆市诚信医院。

2005年8月10日，《人民海军报》第十六届特约记者年会在海军安庆医院召开。

2005年12月15日，医院与海军总医院签订“海军总医院和海军安庆医院建立帮带协议”。

2006年5月8日，医院项目课题“CT引导下经皮肺穿刺活检术用肺部结节性病变诊断”获军队科技进步三等奖和安庆市科学技术研究成果奖。

2007年，海军副司令员张展南中将视察了医院，要求医院要加大改革步伐，将即将新建的十二层病房大楼力争建成皖西南地区最好的住院大楼，为安庆人民造福。

2007年8月1日，为庆祝建军80周年，海装四单位在海军安庆医院联合举办了一台大型联欢会。

2007年12月，医院成为美国微笑列车基金会、中华慈善总会微笑列车唇腭裂修复慈善项目合作医院。

2008年4月9日，海装副部长冷振庆少将、政治部主任许高龙大校等一行7人到医院视察。

2008年6月30日，医院被评为“第八届省文明单位”。

2008年8月30日，医院被评为“安徽省卫生先进单位”。

2008年12月，医院引进安徽省第二台64排128层螺旋CT，该CT拥有0.625mm扫描厚度，明显提高了空间分辫率，可获取了大量的、前所未有组织细节显示，1秒钟完成全肺高分辫扫描， 5秒钟即可完成全身扫描。

2009年2月28日，医院投资亿元的十四层的新住院部大楼正式开工建设。

2010年2月，经过严格评审，医院呼吸内科被评为“安庆市临床医学重点学科”。

2010年12月27日，新住院部大楼正式通过解放军总后勤部验收，这幢高十四层的智能化现代化大楼采用最先进的设计和规划理念建造，将大大改善医院工作和住院环境，为规范化管理打下坚实的硬件基础。

2011年10月8日，医院举行建院110周年庆典活动，原海军副司令员金矛中将等21名将军出席庆典大会，海军装备部李春宏副部长、安庆市政府黄杰副市长等领导致贺词。参会嘉宾共同为医院医疗综合大楼奠基。

2011年10月24日，中央军委委员、海军司令员吴胜利上将率海军机关四大部领导莅临医院视察。吴司令员要求医院超前谋划，早日建成地区一流三甲医院。

2014年11月28日，海政文工团来宜慰问演出，为我院、4812厂、职工中专三家单位奉献了两场精彩的文艺演出。

2015年12月，医院成为安庆医药高等专科学校非直属附属医院，与该校正式开展双主体办学。

2016年1月22日，医院召开第五届党员大会。

2016年1月24日，建筑面积3.4万平米的医疗综合大楼投入使用，医院环境设施水平跻身本地一流。市卫计领导出席启用仪式并讲话。

2017年10月，医院以安庆市第一名的成绩被省卫计委授予“健康促进医院”称号，并被列为省健康促进医院示范单位。2017年12月，淮南市卫计系统组团到医院参观学习。

2017年12月，医院呼吸内科、消化内科被评为安徽省重点特色学科，在全省同级医院中表现十分突出。

2018年1月，医院15个学科被评为安庆市重点系列学科，学科建设取得重大突破。

2018年2月，妇儿科二病区成立。

2018年8月，眼耳鼻喉病区成立。

2018年10月29日，普外科二病区成立。

2018年11月1日，三峡大学校长何伟军探访医院，实地查证这所百年医院与三峡大学的宗源关系。

2018年11月12日，三峡大学指派医学院常务副院长黄晓飞、原三峡大学工会常务副主席谭德福、原生物与制药学院党委书记郑泽俊、三峡大学档案馆副馆长龚海燕、医学院团委书记张宝林5人到医院探寻该校办学起源。

2018年11月20日，医院与安庆市经开区管委会正式签订合作共建圆梦新区医院协议。

2019年4月14日，加强长三角医疗合作，加速融入一体化发展，同济大学附属同济医院安庆分院共建框架协议成功签约。

2019年5月18日，成为上海同济医院医疗集团成员单位。

2019年6月12日上午，三峡大学 海军安庆医院战略合作协议签订仪式在该院康复楼会议室举行。三峡大学副校长邹坤、医学院院长何治、常务副院长黄晓飞，海军安庆医院院长胡炳德、党委书记王玉亭等领导出席，双方在人才培养、科学研究、学科建设、文化建设方面确定系列战略合作意向。同时还进行了“三峡大学教学医院”、“三峡大学校史教育基地”揭牌。

2019年8月12日，康复医学科正式开科，位于4号楼三楼。当天上午8时零8分，院长胡炳德、党委书记王玉亭为康复医学科揭牌。副院长张云峰、政治处主任胡华、医务处主任吴国成、护理部主任束寒玲等相关职能科室领导，康复医学科主任张亮、护士长昝晶及科室医务人员等参加开诊仪式。

2019年9月28日，海军安庆医院新院区（上海市同济医院安庆分院）项目开工仪式在圆梦新区举行。安庆市人民政府副市长王爱武、上海市同济医院院长程黎明、安庆经开区党工委书记、管委会主任吴三九，安庆市卫健委主任张卫、海军安庆医院院长胡炳德、党委书记王玉亭，中铁建工集团上海分公司党委书记姜书杰、上海市同济医院副院长梁爱斌、罗明，安庆经开区管委会副主任黄震、纪委书记李振宏、副主任朱小刚等领导出席开工仪式。安庆经开区党工委副书记、常务副主任汪建宁主持仪式，安庆市政府、市卫健委、经开区管委会机关及下属机构、海军安庆医院、施工单位、设计单位共200余人参加仪式。

2019年12月25日，经过评审，海军安庆医院中医骨伤科成为安庆市第二周期中医重点专科（专病）项目建设单位。建设周期内每个项目每年给予5万元资金支持，专科（专病）所在医疗机构要按不低于1:2比例安排配套资金。（安庆市卫健委12月25日发文《关于安庆市第二周期中医重点学科建设项目评审结果的通报》卫中医[2019]211号）

2020年6月1日，安徽省卫健委网站拟公示设置海军安庆医院为三级综合医院。

2020年6月8日，安庆市卫健委颁发三级医院设置医疗机构批准书。

2020年6月，成为安徽省第十二届文明单位（皖文明[2020]6号文件公示）。

2020年12月1日，安徽省卫健委行政审批办负责同志带队到海军安庆医院开展三级综合医院执业登记现场核查，顺利通过。